慶応大学も3000余名の塾生を「学徒出陣」によって軍隊に送りだし、2000余名の卒業生や在校生の命が失われた。日吉では、1943（昭和18）年11月、陸上競技場に全予科生を集めて出陣学生500名の壮行会を行なわれた。

　福沢諭吉生誕100周年にあたる1934（昭和９）年５月から、文化系の予科生（大学１、２年生）がこの建物で学びはじめた。しかし、1944（昭和19）年２月、軍令部第三部（情報部）が第１校舎に入った。

　地下壕の入口だった。

　1944（昭和19）年７月７日にサイパンが陥落し、本土空襲が可能になった。同年８月15日付で編成された第3010設営隊によって、築造された。
　地下壕は延べ約2.6kmにわたる迷路のような構造で、分厚いコンクリートで頑丈につくられている。この地下壕は、地上の連合艦隊司令部の置かれた寄宿舎と一体化して、奥には長官室、電信室、暗号室、作戦室、バッテリー室など中枢施設がある。天井には、当時まだ珍しかった蛍光灯が使われていた。